Tra il 1500 e il 1532, la famiglia Da Sommaia acquisì dai Pollini e dai Federighi i vari fabbricati situati nell’area in cui oggi sorge il nostro palazzo. Nel corso dei secoli, per conto della stessa famiglia, furono avviati lavori di trasformazione e unificazione delle vecchie costruzioni.
Di quella struttura originaria, almeno esternamente, non restano tracce significative. Con l’estinzione della famiglia Da Sommaia agli inizi del 1600, il palazzo passò ai Bourbon del Monte Santa Maria, che lo ampliarono acquistando abitazioni circostanti, modificandone radicalmente sia gli esterni che la distribuzione interna. È a questa fase che si deve la creazione del raro giardino pensile. Nel 1863, il palazzo fu acquistato dai marchesi Niccolini, che apportarono modifiche interne per adattarle ai gusti dell'epoca, pur mantenendo inalterato il carattere seicentesco dell'edificio. Negli anni 1964 furono eseguiti importanti lavori di restauro e consolidamento.
Il palazzo, che risale al 1400, è sempre appartenuto a famiglie nobili prima di passare ai Niccolini. All'interno, i soffitti, alti quasi cinque metri e mezzo, sono adornati da affreschi e da cassettoni dipinti. Gli arredi, che risalgono alla famiglia dei marchesi Niccolini di Camugliano, si distinguono per la loro autenticità, a differenza di molte altre residenze storiche trasformate in alberghi. I Niccolini vi abitarono fino al 1980, quando si trasferirono nella loro tenuta di campagna a Camugliano, a circa 30 km a sud-est di Pisa e 60 km a nord-est di Firenze, in un grande palazzo con quattro torri angolari e una monumentale scalinata, circondato da terre coltivate dove la famiglia si dedica ancora oggi alla caccia.
Nel palazzo sono esposti due enormi ritratti che raffigurano due membri della famiglia Niccolini che divennero cardinali. Il primo è Agnolo Niccolini (1502-1567), uomo di fiducia del Duca Cosimo I de’ Medici, ambasciatore a Siena dal 1547 e, dal 1557, primo governatore della città. Rimasto vedovo nel 1550, Agnolo fu eletto cardinale e gli fu assegnata la diocesi di Pisa, avendo quasi raggiunto la nomina papale. La sua lealtà ai Medici si concretizzò nel titolo di marchese di Ponsacco e Camugliano, concesso a Filippo di Giovanni nel 1637. L'altro cardinale è Pietro Niccolini (1572-1651), arcivescovo di Firenze dal 1632. Inoltre, un busto in marmo è dedicato a Lorenzo Niccolini (1797-1868), il marchese che salvò la famiglia dal fallimento vendendo l’importante palazzo a Firenze in via de’ Servi acquistato dall’antenato Giovanni Niccolini (1544-1611) evitando così la bancarotta nel 1824. Nel 1842, il cospicuo patrimonio ottenuto grazie al matrimonio con la ricchissima Caterina Stafford Price permise a Lorenzo di risanare le finanze familiari, acquistare il palazzo dei Bourbon a Firenze e preservare l’archivio storico della famiglia, oggi ancora conservato in un'ala dell’edificio e studiato a livello internazionale.